Wer sich ein Zertifikat ausstellen lassen will, muss auf seinem Server den Let's Encrypt Client aus dem Github-Repo installieren. Der Client erfordert Python 2.6 oder 2.7 - die Unterstützung für Version 3 soll mit der offenen Beta jetzt nachgeliefert werden. Er läuft derzeit auf Servern mit Debian Version 8 oder neuer inklusive seiner Derivate oder Ubuntu ab Version 12.04. Der Client lädt einen eigenen kleinen Webserver, um die Inhaberschaft der Domain zu beweisen. Eine experimentelle Version des Programms läuft auch unter Nginx